Zu der Zeit der ersten Bodenöffnung war noch der gesamte Nordteil der Aula regia überbaut und in privatem Besitz. Der südliche Bereich war Teil eines jüdischen Friedhofes, dessen Belegung aber zur Mitte des 19. Jahrhunderts endete. 1888/89 führte Paul Clemen eine kleinräumige archäologische Sondage "mit einer eisernen Brechstange als Bohrer" durch.
Dabei wurden Mauerbefunde nordöstlich vor der Apsis in den baulichen Kontext der "Basilika" gesetzt:
Die Befunde der Grabung wurden - in einer bei späteren Untersuchungen nie mehr erreichten Raschheit - 1890 publiziert und von Paul Clemen mit enzyklopädischer Übersicht in den seinerzeit für frühmittelalterlich gehaltenen Denkmalbestand eingeordnet. Daneben umfasste die Veröffentlichung (Westdeutsche Zeitschrift für Geschichte und Kunst 9, 1890):
P. Strigler leitete den Neubau eines Wohnhauses für den aus Reims stammenden Sektfabrikanten De Bary, wozu die vormalige Bebauung bis auf die Kellermauern und auch Teile der Aula regia zum Teil unter Einsatz von Sprengstoff abgebrochen worden sind. In seinem 1883 veröffentlichten Bericht (Correspondenzblatt des Gesamtvereins der deutschen Geschichts- und Altertumsvereine 31, 1883) beschreibt P. Strigler:
Zusammengefasst ergab sich für P. Clemen das Bild einer in drei Teile gegliederten Anlage:
Diese Gliederung findet P. Clemen in zeitgleichen oder späteren Schriftquellen wieder, in denen er idealtypische Pläne für den frühmittelalterlichen Palastbau sieht. Die gesamte Pfalztopographie kann P. Clemen aufgrund der geringen obertätigen Reste nicht übersehen: In der Saalkirche wähnt er die 741 erstmals genannt St. Remigiuskirche; seiner Auffassung nach hätten der Festsaal und die Kirche das Zentrum des Palatiums gebildet, um das sich ringförmig die Wohn- und Wirtschaftsgebäude in dichter Anordnung gruppiert hätten.
Nach der Jahrhundertwende gingen von P. Clemen wesentliche Impulse für die systematische archäologische
Untersuchung mittelalterlicher Königspfalzen aus, die letztlich
zum Beginn der Ausgrabungen in Aachen 1908 und in Ingelheim 1909 im Auftrag
des Deutschen Vereins für Kunstwissenschaft geführt haben.